A Veresegyházi Misszió Egészségügyi Központ az Egészségügyi Közlöny 2019. LXIX. évfolyam 17. szám előírásai szerinti minőségirányítási rendszert működtet a járóbeteg-ellátás, fekvőbeteg-ellátás, általános diagnosztika, általános vezetési és támogató folyamatok területén. Az intézmény a Magyar Szabványügyi Testület által a Magyar Egészségügyi Ellátási Standardok 2.0 változata szerint tartja fent és fejleszti minőségirányítási rendszerét. Az első tanúsítást 2009. november 30-án szerezte meg az intézmény. 2024. november 22-én az ötödik tanúsítási ciklusban a Veresegyházi Egészségügyi Központ Aranyoklevélben részesült.
A Veresegyházi Misszió Egészségügyi Központ Élelmezés területén is működtet minőségirányítási rendszert, ahol a Hazard Analysis Critical Control Point alapján került az Élelmezés szabályrendszere kialakításra.